医療金融公庫法にもとづき、1960年7月1日設立された。
国民の健康な生活を確保するに足りる医療の適正な普及向上に資するため、私立の病院、診療所等の設置及びその機能の向上に必要な長期かつ低利の資金であって、一般の金融機関が融通することを困難とするものを融通することを目的としていた。
1985年1月1日、社会福祉・医療事業団法により解散。一切の権利及び義務は、社会福祉・医療事業団が承継した。
公庫の資本金は、政府がその全額を出資していた。
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